1. 运输后恢复：种鸽在长途运输后，应先放置于光线较暗的环境中，以减少光照刺激，促进体力恢复。初期应优先供给饮水，并在饮水中添加适量的多种维生素，如速补-14、维补-18等，浓度为每千克水中1.5-2克，连续饮用0.01%高锰酸钾水或5%葡萄糖水。

2. 控制喂料与药物预防：运输后的前几日，喂料量需严格控制，第一天喂料量为平时的40-60%，随后逐渐增加，三天后可恢复到正常水平。在饲料中添加土霉素、喹乙醇、环丙沙星等药物，以预防呼吸道和消化道疾病。注意保持饲料配方的稳定，避免频繁变动。

3. 笼舍消毒与隔离观察：运输前后的笼舍需彻底消毒，并增加消毒频率。严格控制人员出入，特别是避免儿童和其他动物的干扰。对于未接种疫苗的种鸽，应在装鸽或到鸽后7天内进行疫苗接种，如新城疫苗、鸽痘等。

4. 雌雄鸽分棚饲养：雌雄鸽应分棚饲养，以避免不适当的配种时间，确保繁殖的健康和幼鸽的质量。分棚饲养还有助于更好地管理种鸽，避免资源的浪费，并且能有效防止疾病的传播。

5. 雌雄鸽混养的危害：混养可能导致不适宜的配种时间、错误的对象配种、利用良种雄鸽的不充分、后代血缘不清晰以及影响正常采食等问题。因此，建议在配种期之前进行分棚饲养，确保种鸽能集中精力采食，同时有利于进行科学的配种管理。

通过上述措施，可以有效降低种鸽运输后的应激反应，增强其抗病力和免疫力，从而为未来的繁殖和发展奠定坚实的基础。